Вопрос:

Изменить программно значение дополнительного реквизита в контрагенте, через консоль запросов с обработкой 1С

Подробный ответ:

В этом примере происходит замена дополнительного реквизита ТекСвойство2 на значение ТекЗначение2.

МОбъект = Справочники.партнеры.НайтиПокоду(рез[0]).ПолучитьОбъект();

ТекСвойство2 = ПланыВидовХарактеристик.ДополнительныеРеквизитыИСведения.НайтиПоНаименованию("Менеджер");
ТекЗначение2 = Справочники.Пользователи.НайтиПоНаименованию(рез[3]);

    МассивСтрок = МОбъект.ДополнительныеРеквизиты.НайтиСтроки(Новый Структура("Свойство", ТекСвойство2));
    Если МассивСтрок.Количество() = 0 Тогда
        ДопРеквизит = МОбъект.ДополнительныеРеквизиты.Добавить();
    Иначе
        ДопРеквизит = МассивСтрок[0];
    КонецЕсли;
Если рез[1]  = "0"  тогда 
ДопРеквизит.Свойство = ТекСвойство2;
   ДопРеквизит.Значение = "";
иначе
ДопРеквизит.Свойство = ТекСвойство2;
   ДопРеквизит.Значение = ТекЗначение2;
 КонецЕсли;
    МОбъект.Записать();